Aplikaci Ekonom-online si jednoduše nastavíte podle vašich požadavků. Jakmile budete mít v aplikaci více uživatelů, jistě oceníte, že můžete volby nastavit ať už samostatně pro každého uživatele nebo globálně pro firmu, agendu nebo celou aplikaci. Máte možnost nastavit výchozí číselné řady pro jednotlivé typy dokladů, vše ohledně tiskových sestav nebo výchozí hodnoty splatnosti apod. Na seznamech naleznete nastavení specifická pro dané typy záznamů, případně všechna nastavení naleznete v administraci.
Ekonom-online obsahuje také robustní nastavení přístupových práv. Můžete nastavit přístup do jednotlivých sekcí na úrovni čtení, vytváření nebo modifikace včetně mazání jednotlivých záznamů. Pro faktury můžete nastavit přístupy také podle číselných řad. Zabezpečení je založeno na rolích, které můžete dle libosti definovat a přiřazovat jednotlivým uživatelům v agendách.